A Universidade do Minho procurou, desde o seu início, organizar a investigação de forma estruturada, tendo como objectivo garantir a integração de todos os docentes/investigadores em Centros de Investigação da própria Universidade.
Procurando optimizar os recursos humanos e financeiros e as infraestruturas existentes, a Resolução SU-14/94 estruturou a organização da investigação na Universidade do Minho em dois níveis distintos:

a) o nível das células-base, previsto no artigo 37.° dos Estatutos, em que são criados Centros e Núcleos de Investigação que, no seu conjunto, integram todos os docentes/investigadores da Universidade;

b) um nível que potencia programas interdisciplinares amplos, por associação de Centros e Núcleos, com vista a responder a desafios levantados por temas actuais de grande complexidade ou por regras externas de financiamento de infraestruturas ou projectos; neste nível serão criados Institutos ou Centros Interdisciplinares, em cujos órgãos de gestão estarão representados os Centros que os integrem.