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| Ciclo de Estudos conducente ao Grau de Doutor em Arquitectura |
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| Programa Doutoral Conjunto em Informática das Universidades do Minho, Aveiro e Porto / Doctoral Program in Computer Science (não funciona em 2008/2009 na Universidade do Minho) |
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Programa Doutoral em Líderes para Indústrias Tecnológicas - Leaders for Technological Industries |
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| Programa Doutoral em Engenharia Civil |
| Programa Doutoral em Tecnologias e Sistemas de Informação |
| Programa Doutoral em Engenharia de Tecidos, Medicina Regenerativa e Células Estaminais |
| Programa Doutoral em Engenharia Têxtil |
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| Doutoramento em Teoria da Literatura e Literaturas Lusófonas |
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| Programa Doutoral em Ciências da Saúde |
| Programa Doutoral em Medicina |