São órgãos de governo do ISCTE a Assembleia, o Presidente (coadjuvado por dois Vice-Presidentes), o Senado e o Conselho Administrativo.

A Assembleia é composta por representantes eleitos dos docentes, dos discentes e dos funcionários, bem como por membros inerentes. A Assembleia do ISCTE garante a participação de todos os corpos do ISCTE no estabelecimento das linhas orientadoras do desenvolvimento da instituição.

O Presidente representa, dirige, orienta e coordena os serviços e as actividades do Instituto.

São membros do Senado, por eleição, 10 representantes dos docentes, dos quais sete professores e três outros docentes, 10 representantes dos discentes e cinco representantes dos funcionários. O Senado funciona em plenário e por secções permanentes ou temporárias, presididas obrigatoriamente por docentes.

Ao Conselho Administrativo compete, em geral, dar execução às directrizes emanadas do Senado no campo da gestão administrativa, financeira e patrimonial do ISCTE.

São órgãos de coordenação das actividades científicas e pedagógicas, respectivamente, o Conselho Científico e o Conselho Pedagógico.

O Conselho Científico visa o estímulo e o incremento da investigação e o desenvolvimento da formação, competindo-lhe, em geral, deliberar sobre todos os assuntos de natureza científica e, em especial, sobre os que lhe são cometidos pelos Estatutos das Carreiras Docente e de Investigação e legislação complementar.

O Conselho Pedagógico é composto paritariamente por representantes dos docentes e dos discentes.

O ISCTE dispõe de um Conselho Consultivo. O Conselho Consultivo assegura a relação permanente com o exterior, possibilitando a discussão das linhas de desenvolvimento do ISCTE.

Para mais informações consultar o Capítulo II do Despacho Normativo n.º 37/2000.