As Escolas são Unidades Orgânicas permanentes que asseguram o ensino, a investigação e outros serviços especializados no respectivo âmbito científico e agrupam Departamentos com interesses científico-pedagógicos afins.

As Escolas correspondem a áreas de saber tradicionalmente agrupadas em faculdades, mas, não incluindo em si a gestão dos projectos de ensino, não lhes são formalmente equivalentes.

Os Departamentos são organizações permanentes de criação e transmissão do conhecimento no domínio de uma disciplina ou grupo de disciplinas, constituindo, como tal, a célula base de organização científica, pedagógica e de gestão de recursos humanos e materiais num domínio consolidado do saber. São constituídos por docentes e investigadores ligados à disciplina ou grupo de disciplinas definidoras do Departamento, bem como pelo pessoal técnico e administrativo em funções nos laboratórios e serviços que dele dependem, detendo também os correspondentes recursos materiais.