| Ciências |
| Centro de Biologia Molecular e Ambiental (CBMA) |
| Centro de Física (CF) |
| Centro de Matemática (CMAT) |
| Centro de Química (CQ) |
| Núcleo de Ciências da Terra (NCT) |
| Núcleo de Investigação Geológica, Ordenamento e Valorização de Recursos (NIGOVR) |
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| Ciências da Saúde |
| Instituto de Ciências da Vida e da Saúde (ICVS) |
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| Ciências Sociais |
| Centro de Investigação em Ciências Sociais (CISC) |
| Centro em Rede de Investigação em Ciências Sociais (CRIA) - com sede no ISCTE |
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| Centro de Investigação Transdisciplinar Cultura, Espaço e Memória (CITCEM) |
| Centro de Estudos de Comunicação e Sociedade (CECS) |
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| Direito |
| Centro de Investigação Interdisciplinar em Direitos Humanos |
| Núcleo de Estudos de Direito das Autarquias Locais |
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| Economia e Gestão |
| Núcleo de Estudos em Administração e Políticas Públicas (NEAPP) |
| Núcleo de Estudos em Gestão (NEGE) |
| Núcleo de Investigação em Ciência Política e Relações Internacionais (NICPRI) |
| Núcleo de Investigação em Economia Europeia, Internacional e Industrial (NIEEII) |
| Núcleo de Investigação em Microeconomia Aplicada (NIMA) |
| Núcleo de Investigação em Políticas Económicas (NIPE) |
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| Educação |
| Centro de Investigação em Educação (CIED) |
| Centro de Estudos da Criança (CESC) |
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| Engenharia |
| Biomaterials, Biodegradables and Biomimetics Research Group (3 B’s) - integra o Laboratório Associado IBB |
| Centro Algoritmi (CALG) |
| Centro de Ciências e Tecnologias da Computação (CCTC) |
| Centro de Ciência e Tecnologia Têxtil (CCTT/2C2T) |
| Centro de Engenharia Biológica (CEB) - integra o Laboratório Associado IBB |
| Centro de Tecnologias Mecânicas e de Materiais (CT2M) |
| Centro de Território, Ambiente e Construção (C-TAC) |
| Centro Interdisciplinar de Tecnologias da Produção e da Energia (CITPE) |
| Institute for Sustainability and Innovation in Structural Engineering (ISISE) |
| Instituto de Polímeros e Compósitos (IPC) - integra o Laboratório Associado I3N |
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| Humanidades |
| Centro de Estudos Humanísticos (CEHUM) |
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| Psicologia |
| Centro de Investigação em Psicologia (CIPSI) |