A Universidade do Minho adoptou, desde o seu início, um modelo organizacional cujas bases assentam na existência de "grupos de projecto", dando forma a um sistema matricial e de gestão por objectivos que envolve articuladamente projectos e unidades orgânicas.

Os projectos são definidos como actividades organizadas de ensino (projectos de ensino ou cursos), de investigação e de serviços especializados, orientadas no sentido da realização dos fins próprios da Universidade.

Por sua vez, as unidades orgânicas são núcleos de recursos humanos e materiais, nos quais assenta o desenvolvimento de todo o tipo de projectos da instituição, podendo de acordo com os seus objectivos específicos assumir a forma de escolas, unidades culturais, ou serviços.

Projectos e unidades orgânicas, ou de recursos, constituem desta forma a estrutura básica da Universidade e é pela sua interacção que se configura o modelo de gestão matricial. Não sendo formalmente equivalentes, até pelo facto de o desenvolvimento de cada projecto ser frequentemente levado a cabo por diversas unidades orgânicas, nele envolvidas em simultâneo, projectos e unidades orgânicas são por este motivo dotados de estruturas diferenciadas de gestão.

Procura-se desta forma, alcançar uma organização flexível, uma interdisciplinariedade crescente e uma adequada racionalização dos recursos.