A investigação na UMinho organiza-se em Centros, Institutos e Núcleos de Investigação, e consubstancia-se em inúmeros projectos financiados por todos os programas existentes a nível nacional - POCTI, POSI, AGRO, PRIME, entre outros - e num elevado número de projectos apoiados por programas internacionais, com destaque para a União Europeia.

Com a internacionalização cada vez mais consolidada, tem vindo a ser desenvolvida uma política coerente e global de estreitamento de laços com as mais de 200 universidades estrangeiras. O número de redes de cooperação internacional em que a UM se encontra é muito elevado, sendo a Universidade portuguesa que coordena e participa no maior número de redes de investigação ALFA, da UE com a América Latina.